Luật Quản lý Thuế hiện hành đã tạo khung pháp lý cơ bản, thống nhất chính sách quản lý thu thuế, đồng bộ với các luật thuế và thông lệ quốc tế. Tuy nhiên, Luật cũng đã bộc lộ những hạn chế, bất cập, trong đó phải kể đến: quy định về chính sách quản lý thuế chưa thay đổi kịp với sự thay đổi của chính sách nói chung; quy định về việc xây dựng, ứng dụng CNTT vào công tác quản lý thuế đã được ban hành nhưng chưa theo kịp với thực tiễn phát triển của giao dịch thương mại toàn cầu.